BIO-RAD CFX Maestro是BIO-RAD定量PCR数据处理大师。该软件可操作所有CFX系列实时定量PCR仪器,进行实验设置、仪器操作和数据分析。该软件充分集成了数据采集、统计分析(t检验、方差分析)和结果导出发布等功能,为实时定量PCR仪实验提供了一站式解决方案。
【软件应用】背景介绍:
肌萎缩侧索硬化(ALS),俗称“冻人”,是一种运动神经元疾病。患者表现为上、下运动神经元变性引起的肌无力、肌萎缩等症状。为了研究是否存在自噬病理,研究人员将ALS患者与其他非ALS类型包括包涵体肌炎(IBM,一种慢性炎症性肌病)样本进行了比较。观察已知ALS病理标志物磷酸化TAR DNA结合蛋白43(pTDP-43)和调节自噬的P62蛋白的特异性表达。除了免疫组织化学和免疫荧光的方法外,研究人员还通过qPCR实验分析比较了这两种蛋白对应的基因TARDBP和SQSTM1。以下是具体流程。
示例设置:
ALS样本组——ALS1-ALS5中有5个生物重复。
IBM样品组——IBM1-IBM3中有3个生物重复。
阴性对照组(——MSC1-MSC3)对轻度神经源性肌萎缩样本进行三次生物重复。
有——1个空白对照没有模板。
基因设置:
两个靶基因——TARDBP,SQSTM1;
两个参考基因——GAPDH和RPS18;
染色法中使用的引物对均来自Bio-Rad提供的PrimePCR检测。
面板布局:
12个样本4个基因,1个96孔板做2个重复,2个96孔板做2个重复(即2批实验,每批4个技术重复)。
数据分析方法:
用两个参考基因(GAPDH,RPS18)均化TARDBP和SQSTM1的表达。比较两组患者和对照组相对均质化基因的表达,并通过不成对t检验进行显著性检验。