《蜘蛛侠:敌友难辨》的剧情为独立开发，与电影、漫画皆无关联。在游戏中你将穿过城市的密林，探索无人的孤岛，游览神秘的沙漠，拜访可怖的鬼城，涉足消失的乡土。大战未知的危险，与昔日的对手一起，寻找拯救世界的道路。一日蜘蛛侠和新绿魔正与老对手(绿魔，毒液，章鱼博士，沙人等等等等)激战正酣，