激萌!任天堂机娘游戏中，两位主人公FC娘(红白机的萌化物)和GB娘(GBA的萌化物)这一对双胞胎姐妹在NES小山村里原本拥有一个幸福、平静的生活，可这一切都被一个四处偷盗游戏卡的黑武士打破了。紧接着，各个山村、城镇的居民也都陆陆续续丢失了自己的电子游戏。为了找出元凶并消灭她，FC娘和GB娘遂踏上了这段奇异而又危险的旅程。