《合金装备崛起复仇》讲述的是《合金装备》系列中人气角色“雷电”的故事。合金装备崛起复仇使用的是研发的“FOX引擎”，故事时间移动到《合金装备4》结束的几年之后：强化骨骼(Cyborgs)在世界上飞速发展，产生大量超人类，影响了整个世界。